Da allora, l'unità, con i suoi 123 membri di equipaggio, salpa ogni primavera per condurre rilievi per l'aggiornamento della documentazione nautica, requisito imprescindibile per chi va per mare, e per lo studio delle acque, conducendo campagne oceanografiche, mirate ad analisi chimico-fisiche delle acque e attività di ricerca relitti e oggetti sommersi. Unica unità idro-oceanografica d'altura della Marina Militare, Nave Magnaghi é attualmente impegnata in una intensa attività di ammodernamento presso l'arsenale di La Spezia.

Gli interventi sono mirati non solo all'esecuzione di attività periodiche e programmate sullo scafo e sull'apparato propulsivo, ma anche all'adeguamento dei locali di bordo. Importanti lavorazioni riguarderanno anche la strumentazione idro-oceanografica e i sistemi di telecomunicazione al fine di adeguare l'Unità agli standard internazionali, garantendo efficienza ed efficacia operativa nel tempo.

La sosta lavori è un periodo importante anche per il personale di bordo ed in particolare per gli idrografi, che approfittano di questo momento per approfondire le proprie conoscenze sui sistemi ed apparati e per aggiornarsi sugli ultimi sviluppi della tecnologia. La strumentazione moderna e allo stato dell'arte, i locali operativi e le capacità logistiche proprie dell'unità, rendono il Magnaghi una piattaforma scientifica ideale per condurre campagne anche in sinergia con Enti di ricerca esterni alla Marina Militare.

Negli ultimi anni Nave Magnaghi vanta, infatti, numerose collaborazioni con enti di ricerca, evidenziando la vocazione intrinseca all'uso duale. L'Unità ha operato nel Golfo di Pozzuoli insieme a ricercatori dell'Istituto Nazionale di Geofisica e Vulcanologia (INGV) per la caratterizzazione dell'area dei Campi Flegrei, zona di prioritario interesse ai fini di protezione civile a causa deifenomeni di origine vulcanica.

Si è occupata dello studio delle emissioni gassose aPanarea in concorso con il Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR-ISMAR) e della individuazione dei banchi di corallo profondo (300-500 mt) presso le Cinque Terre, area marina protetta, in collaborazione con ENEA e della ricerca di micro-plastiche in mare con l'Università di Siena (progetto Plastic Buster). Inoltre, sono state condotte campagne di ricerca relitti, con ritrovamenti di unità affondate nel secondo conflitto mondiale, e rilievi idrografici per l'aggiornamento di numerose carte nautiche tra cui: Isole Eolie, Porto di Livorno, Porto Empedocle, Secche di Ugento, Canale di Sicilia. Al temine dei lavori, Nave Magnaghi sarà pronta per salpare, al Comando del Capitano di Fregata Santo Vella, per condurre nuovi rilievi e concorrere così ad aumentare la conoscenza e la sicurezza sul nostro mare.